Los certificados siempre se compran con los datos de una persona natural y no de la empresa directamente, cuando ingreses al SII, debes ingresar con RUT y clave tributaria de persona natural para poder facturar a nombre de tu empresa, usualmente quien compra el certificado es el representante legal o un usuario con el rol de administrador de la empresa en el SII.
Posterior a pagar, podrás activar el certificado, ahí deberás completar el formulario con los datos de persona natural.
"Siempre te solicitarán llenar los datos de facturación que son los datos de la empresa y los datos del titular de la firma, como persona natural"